Những đội bóng đã chắc suất tại vòng knock-out gồm APOEL, Cercle Brugge, Copenhagen, Djurgarden, Fiorentina, Gent, Heidenheim, Jagiellonia, Legia Warszawa, Lugano, Olimpija, Pafos, Shamrock Rovers, SK Rapid và Vitoria SC.
Trong số này, chưa đội nào xác nhận việc vào thẳng vòng 1/8, do chỉ 8 đội đứng đầu bảng tổng sắp mới được đặc cách. Các đội xếp từ vị trí thứ 9 đến 24 sẽ thi đấu play-off vòng knock-out để tranh vé vào vòng 1/8.
Thể thức mới của Conference League mùa này mang đến nhiều thay đổi với việc áp dụng "league phase". Đây là lần đầu tiên các đội được phân hạng dựa trên bảng tổng sắp thay vì thi đấu vòng bảng truyền thống. Sự đổi mới này giúp giải đấu tăng tính cạnh tranh và hấp dẫn, khi các đội bóng phải thi đấu để đảm bảo vị trí cao nhất có thể nhằm tránh vòng play-off.
Ở chiều ngược lại, Larne và Petrocub là hai câu lạc bộ đầu tiên đã xác nhận bị loại khỏi giải đấu sau những kết quả không tốt.
Lịch thi đấu vòng knock-out đã được công bố. Các trận play-off sẽ diễn ra vào ngày 13 và 20 tháng 2 năm 2025, tiếp theo là vòng 1/8 vào ngày 6 và 13 tháng 3. Các trận tứ kết và bán kết lần lượt diễn ra vào tháng 4 và tháng 5, trong khi trận chung kết sẽ tổ chức vào ngày 28 tháng 5 năm 2025.
Với việc Chelsea sớm đảm bảo suất vào thẳng vòng 16 đội, ông lớn nước Anh đang có lợi thế lớn để tập trung vào giai đoạn sau của giải đấu. Trong khi đó, 15 đội bóng còn lại sẽ phải nỗ lực hết mình ở vòng play-off để giành vé vào vòng 1/8.
