Không ngần ngại nhận toàn bộ trách nhiệm về mình trong thất bại của ĐT Việt Nam ở AFF Cup 2012, nhưng khi bị Chủ tịch Hội đồng HLV QG Nguyễn Sỹ Hiển lên tiếng phê phán về chương trình huấn luyện của ĐT Việt Nam chuẩn bị cho AFF Cup 2012, ông Hùng đã phản ứng lại một cách khá mạnh mẽ và nhấn mạnh rằng mỗi HLV đều có phương pháp huấn luyện riêng, và ông Hùng cho rằng giáo án mà ông xây dựng cho ĐT Việt Nam là hoàn toàn hợp lý.